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Lo primero que hará el médico es un interregotario exhaustivo al paciente, porque la información que le facilite puede ser fundamental para descartar otras patologías. Además, se realizan análisis de sangre y de heces, y otras pruebas como radiografías del intestino, transito intestinal, enema opaco, o ecografía, pero por lo general la colonoscopia es lo que determina si se trata de una Enfermedad Inflamatoria intestinal. La colonoscopia permite ver el interior del intestino grueso con una cámara, y en ocasiones del íleon. Esta prueba tambien permite extraer una pequeña muestra del tejido intestinal afectado para posteriormente poder verla al microscopio y analizarla.
Dado que se desconoce su causa, los tratamientos no curan, pero sirven para paliar la duración y la severidad de los brotes. Además del tratamiento medicamentoso, es importante el descanso y evitar los alimentos que según la experiencia propia de cada enfermo, produzca dolor abdominal.
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